Der modulare Aufbau des Studiengangs erlaubt es, auch einzelne Module im Rahmen eines Modulstudiums zu belegen und diese mit einem Zertifikat abzuschließen. Teilnehmende einzelner Module werden in die Gruppe der Master-Studierenden integriert und profitieren von der beruflichen Vielfalt der Teilnehmenden. Die Anwesenheit bei allen dem Modul zugeordneten Präsenzen wird empfohlen, ist jedoch nur bei Präsenzen, während derer Prüfungsleistungen erbracht werden, verpflichtend. Wurden auf diese Art alle Module belegt und erfolgreich abgeschlossen, besteht zudem die Möglichkeit, die Ausbildung mit dem Master-Abschluss zu beenden, wenn eine Masterarbeit entsprechend der Fachprüfungsordnung erfolgreich angefertigt wurde.

Das Studium ist in Trimestern organisiert, ein Trimester umfasst drei Monate. Die Module im Studiengang Systems Engineering sind in drei prinzipielle Kategorien eingeteilt:

Grundlagenmodule (G1 bis G4) vermitteln und vertiefen Grundlagenwissen.  Die Wissensvermittlung erfolgt durch einen hohen Selbstlernanteil mittels aktueller Fachliteratur und virtueller Gruppenarbeit auf der Lernplattform des E-Learning-Systems. Die Einführung der Inhalte erfolgt über einen klassischen Frontalunterricht sowie ergänzenden Übungen an Fallbeispielen. Jedes Grundlagenmodul wird mit einer mündlichen oder schriftlichen Prüfung abgeschlossen.

Vertiefungsmodule (V1 bis V4) greifen Einzelaspekte des Systems Engineering auf und betrachten diese tiefergehend. Hierbei gilt es verstärkt einen Praxisbezug für die Teilnehmenden herzustellen. Die Lehrinhalte werden daher in Absprache mit den Teilnehmenden berufsbezogen aufgearbeitet. Um die Teilnehmenden intensiver in die Wissensaufbereitung einzubeziehen, bereiten sie Inhalte in Vorträgen auf. Die Vorträge können bewertet werden oder es erfolgt am Ende des Trimesters eine mündliche oder schriftliche Prüfung.

Praxismodule bieten den Teilnehmenden die Möglichkeit, Lösungsansätze und Best-Practices unterschiedlicher Branchen, Marktverhältnisse oder Wettbewerbsumfelder kennenzulernen und auf andere Aufgaben zu übertragen. Gleichzeitig werden im Rahmen dieser Module konkrete Problemstellungen aus dem beruflichen Umfeld der Teilnehmenden aufgegriffen und analysiert, um Handlungskonzepte abzuleiten. Auch für diese Module erfolgt eine aktive Einbindung der Teilnehmenden über die Vorbereitung und Präsentation von Vorträgen oder der schriftlichen, wissenschaftlichen Bearbeitung von selbstgewählten Themen.