Die CrypTool-Schülerkrypto beinhaltet zwei Teile: eine Kryptofortbildung ausschließlich für Lehrer und einen Schülertag. In Rahmen der Kryptofortbildung für Lehrer werden die Themen Kryptographie und Kryptoanalyse im Detail vorgetragen und praktisch ausprobiert. Der Fokus hierbei liegt auf der Theorie und soll den Lehrern einen Überblick über die Kryptographie vermitteln, damit sie danach selbst entscheiden können, welche Teile sich für den Oberstufenunterricht eignen. Die Kryptofortbildung für Lehrer wurde bisher ausschließlich in Siegen angeboten.

An dem Schülertag dagegen werden nur ausgewählte Themen vorgeführt und praktisch angewandt. Die Schüler sollen durch die Vorträge einen Überblick über die Möglichkeiten der Kryptographie bekommen. Durch die praktischen Aufgaben hingegen soll das Interesse geweckt und auf spielerische Art und Weise der Umgang mit der verwendeten Software, CrypTool, gelernt werden.