In seiner Forschung arbeitet Johannes Kinder an der automatischen Härtung von Anwendungen und Systemen mit Hilfe von Methoden der statischen und dynamischen Programmanalyse. Seine Schwerpunkte liegen im Aufdecken von Softwareschwachstellen, dem Erkennen von Schadsoftware und der Instrumentierung von bestehenden Anwendungen. Neben einer sauberen theoretischen Fundierung steht die praktische Anwendbarkeit im Fokus.
Vor seiner Berufung an die Universität der Bundeswehr München war Johannes Kinder Professor an der Royal Holloway University of London. Dort leitete er seit 2013 eine Forschungsgruppe am Department of Computer Science. Nach seinem Diplom an der TU München promovierte Johannes Kinder an der Technischen Universität Darmstadt, mit Forschungsaufenthalten an der University of Wisconsin in Madison und bei Microsoft Research in Redmond. Anschließend war er von 2011 bis zu seinem Ruf nach London als Postdoc an der École Polytechnique Fédérale de Lausanne tätig.
Prof. Kinder ist General Chair der ACM CCS 2019 in London und Fellow der UK Higher Education Academy. Er ist Empfänger eines Google Faculty Research Awards und Autor der Open Source Analysewerkzeuge Jakstab und ExpoSE.